Pada 8 Julai 1945, Sekolah Tinggi Islam (STI) didirikan di Jakarta. Pada 1946, STI dipindahkan ke Yogyakarta. STI ditukar menjadi Universiti Islam Indonesia (UUI) pada 22 Mac 1948. Fakulti Agama UII ditukar kepada Perguruan Tinggi Agama Islam Negeri (PTAIN) Yogyakarta.

Pada 1 Jun 1957, Jabatan Agama mendirikan Akademi Dinas Ilmu Agama (ADIA) di Jakarta dan Yunus dilantik sebagai rektor pertama ADIA. Tahun 1960,nama PTAIN ditukar kepada Institut Agama Islam Negeri (IAIN).

Selaku Dekan Fakulti Tarbiyah di IAIN (1960), beliau berkunjung ke Mesir, Arab Saudi, Syria, Lebanon, Jordan, Turki, Iraq, Tunisia dan Marokko (1961). Pada 1962 diundang oleh Raja Sa'ud hadir ke Madinah Tahun-tahun 1964, 1965, 1966, dan 1967 beliau ke Mesir. Beliau menulis buku "Al-Israiliyyat fit Tafsir wal Hadits" dan mendapat perhatian para peserta.

Beliau dilantik sebagai rektor pertama IAIN Imam Bonjol (1967-1970). Pada 15 Oktober 1977, beliau memperoleh gelar doktor kehormatan di bidang ilmu tarbiyah dari IAIN Jakarta .